南通第一中学物理课程基地是首届江苏省31个课程基地建设项目之一。该项目于2011年通过省专家组评审，并成功启动建设。基地以有效促进师生学习物理知识、探究物理学规律，形成物理思想为宗旨，以开发物理校本课程，丰富物理实验手段，促进师生素养持续发展为导向。在建设中，基地遵循一条主线（物质、物质结构、物质运动和相互作用），两个平台（实体平台、虚拟平台），三个系列（物理与科学、物理与技术、物理与生活）展开，重点装备四类馆室（基础实验室、媒体实验室、物理技术馆、物理生活体验馆），致力于打造整合于高中物理课程的数字、人文、绿色的个性课程体系。

基地馆室主要分布在行果楼和博约楼，行果楼主要以高中物理课程为主，设有基础实验室4个，探究实验室1个，演示实验厅1个，物理体验馆1个，数字微格教室1个，数字传感器实验室1个，另有走廊实验供学生互动；博约楼主要以选修课程为主，以物理技术馆为主体，内设各类专题实验室12个。

目前，物理课程基地建设已成为学校现代化建设和课程改革的标志性项目之一。学校将在省市政府的大力扶持下，大力开展基地的建设和实践，为学校的内涵发展、特色创建和学生素养的特色成长构建一个坚实的基础。